Die Organschaft bezeichnet ein Unterordnungsverhältnis eines oder mehrerer rechtlich selbstständiger Unternehmen unter ein übergeordnetes Unternehmen. Sie liegt dann vor, wenn ein tatsächliches oder rechtliches, auf einer Eingliederung von einem oder mehreren, wirtschaftlich unselbstständigen aber rechtlich selbstständigen Kapitalgesellschaften begründetes Unterordnungsverhältnis unter ein übergeordnetes Unternehmen gegeben ist. Bei dieser Konstellation werden die untergeordneten und wirtschaftlich unselbstständigen Kapitalgesellschaften als Organgesellschaften und das übergeordnete Unternehmen als Organträger bezeichnet.
Eine Organschaft hat für die eingegliederten Unternehmen Auswirkungen auf die Umsatzsteuer, die Körperschaftssteuer und die Gewerbesteuer. Die auf die rechtliche Selbstständigkeit eines Unternehmens ausgerichtete Vermögenssteuer und andere Teilbereiche des Steuerrechts bleiben jedoch unberührt.
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Die rechtlichen Grundlagen der Organschaft hinsichtlich der Umsatzsteuer sind im § 2 II Nr. 2 UStG (Umsatzsteuergesetz) und in R 2.8 UStAE (Umsatzsteuer-Anwendungserlass) geregelt. Voraussetzung dafür ist, dass es sich bei der Organgesellschaft um eine juristische Person handelt. Der Organträger kann nach § 2 I UStG jeder inländische Unternehmer sein. Die Organgesellschaft ist wirtschaftlich, finanziell und organisatorisch in den Organträger eingegliedert. Dies bedeutet unter anderem, dass der Organträger zu mindestens 50 % finanziell an der Gesellschaft beteiligt sein muss und, dass die Organgesellschaft gemäß dem Willen des Organträgers wirtschaftlich tätig ist. Auf der Organisationsebene muss sichergestellt sein, dass die Organgesellschaft den Willen des Organträgers ausführt.
Umsätze innerhalb der inländischen Organgesellschaften werden von den Finanzbehörden als reine Innenumsätze angesehen und werden nicht von der Umsatzsteuer erfasst. Nur der Organträger ist im Bezug auf die Umsatzsteuer der Steuerschuldner, der daher die Voranmeldungen und Jahreserklärungen für die Umsatzsteuer für die gesamte Organschaft abgeben muss.
Die Gesellschaften einer Organschaft werden von den Finanzbehörden als Betriebsstätten des Organträgers angesehen. Daher werden die Gewerbeerträge der Organgesellschaften dem Gewerbeertrag des Organträgers hinzugerechnet, aber so ermittelt, als wären die Organgesellschaften selbstständige Unternehmen. Wegen der meist unterschiedlichen Standorte der Organgesellschaften wird die zu entrichtende Gewerbesteuer auf die Gemeinden, an denen sich die Unternehmensstandorte befinden, verteilt.
Die Organgesellschaften und der Organträger müssen ihre Ergebnisse für die Berechnung der Körperschaftsteuer eigenständig ermitteln. Das bedeutet, das Geschäfte, die eine Organgesellschaft mit einer anderen Gesellschaft innerhalb derselben Organschaft tätigt, zu einer Gewinnrealisierung bei der betreffenden Gesellschaft führen. Grundsätzlich ist eine gemeinschaftliche Ermittlung und Konsolidierung von Gewinnen und Verlusten in einer Organschaft nicht vorgesehen. Der Organträger muss die Ergebnisse der Organgesellschaften und die eigenen in der Gesamtheit versteuern. Allerdings können die Verluste und Gewinne innerhalb der Organschaft ausgeglichen werden, in dem diese auf der Ebene des Organträgers miteinander saldiert werden.
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